In 1594 werd op de Grote Markt een nieuw stadhuis gebouwd; een iets kleinere uitvoering van het stadhuis van Antwerpen. Het beursgebouw dateert uit 1635. In het begin van de 17e eeuw werd de stad op last van prins Maurits voorzien van een nieuw vestingstelsel bestaande uit acht bastions die rond de stad lagen. Binnen de nieuwe omwalling werd de Dok- of Oosterhaven gegraven waar al gauw timmerwerven en touwslagerijen ontstonden.

De 17e eeuw betekende in economisch opzicht ook voor Vlissingen een Gouden Eeuw. De handel floreerde mede door de oprichting van de VOC en de WIC. Ook bleef, zoals altijd, de kaapvaart een lucratieve bezigheid. De in Vlissingen gevestigde scheepswerf van de Admiraliteit van Zeeland voorzag de handelsvloot van schepen.

Qua inwonertal was Vlissingen aanzienlijk kleiner dan Middelburg, maar had een veel groter aandeel in het opzetten en beheren van plantagekoloniën met slaven en later in de transAtlantische slavenhandel dan de hoofdstad van het gewest. De Vlissingse regentenburgemeestersJan de Moor, Abraham van Pere en Cornelis Lampsins behoorden tot de selecte groep kwartiermakers die de Nederlandse handel en scheepvaart op Amerika mogelijk maakte, maar zij investeerden ook in de stichting van handelsposten en plantagekoloniën. Hun initiatieven hebben, zoals eerder in dit rapport vermeld, geleid tot de Zeeuwse kolonisering van de eilanden Tobago en Sint Eustatius, en de stichting van plantagekoloniën aan de Essequibo en de Berbice in Guyana. In de zeventiende en achttiende eeuw zijn tienduizenden Afrikaanse slaven naar deze koloniën gebracht voor het zware werk op de plantages. Van alle Zeeuwse havensteden heeft Vlissingen het grootste aandeel in de transAtlantische slavenhandel gehad. Aanvankelijk was dat aandeel vrij klein; tot aan het laatste kwart van de zeventiende eeuw beperkte de stad zich tot het uittreden van enkele slavenschepen voor de Zeeuwse kamer van de WIC, waarin Middelburg een groter belang 29 had. Daarnaast zonden de gebroeders Lampsins enkele slavenschepen naar Tobago om hun suikerplantages op het eiland van Afrikaanse werkkrachten te voorzien. Maar vanaf circa 1675 keerde het tij en ontdoken steeds meer Vlissingse reders het slavenhandelsmonopolie van de WIC. 

Zo probeerden zij de economische achteruitgang van hun stad en het gewest af te remmen. Tussen 1675 en 1730 hebben Zeeuwen ruim 44.000 slaven uit West-Afrika weggevoerd, van wie de meeste op schepen die Vlissingen als thuishaven hadden. Sint Eustatius en Sint Thomas, die zich tot de belangrijkste illegale slavenmarkten in de Cariben hadden ontwikkeld, waren voor de Vlissingers de belangrijkste bestemmingen.Tussen 1760-1779, waarin de Nederlandse slavenhandel zijn maximale omvang bereikte, heeft Vlissingen 161 slavenschepen uitgereed tegen 99 vanuit Middelburg in dezelfde periode. Met een gemiddelde van 300 slaven per uitgereed schip was Vlissingen alleen al in deze periode verantwoordelijk voor het vervoer van ruim 48.000 Afrikanen.